重庆市农业科学院属正厅局级全民所有制公益性科研事业单位，下设农业工程研究所等13个研究机构，有农业工程、农业生态、果树、蔬菜、花卉、茶叶等优势学科，是西南山地农业及系南山区新农村建设规划实施的重要技术支撑单位。近十年来，在相关领域主持承担了国家高技术产业化项目、“十一五”国家科技支持计划、成果转化资金等国家和省部级科研项目400余项，获科技成果奖100多项次，出版专著30余部，发表学术论文1400余篇，创新材料300多份，有成新品种100余个，编辑出版《南方农业》、《西南农业学报》两个专业刊物。

重庆市农业科学院农业工程研究所下设综合规划室、设施农业工程研究室、农业水土工程研究室、农村能源工程研究室、资源环境与村舍民居工程研究室等5个科室，主要从事设施农业工程、畜牧工程、农业节水灌溉、土地整治、农村能源工程、农业资源与环境等方面的技术、设施装备研发工作，以及农业工程建设项目咨询、规划设施、评估、监理及项目代建工作。拥有一支以农业工程技术科研、规划设计与咨询为主的专业化人才队伍，能够独立开展农业工程技术研究与成果转化应用工作。近年来，农业工程研究所在农村能源工程、设施农业、农业水土工程、畜牧工程、农业资源与环境等相关领域主持、参与实施了国家部委、省市级科研项目，积累了较为丰富的研究及技术推广经验。